Mineiro, Afonso Augusto Moreira Pena assumiu a presidência com o apoio dos fazendeiros e exportadores de café. Embora sonhasse com a industrialização do Brasil, esqueceu rapidamente tais sonhos e empenhou-se a fundo na valorização do café.
Afonso Pena
Afonso Pena recebeu o governo numa época de relativa prosperidade econômica, conquanto persistissem velhos problemas nacionais como a miséria das classes proletárias, a corrupção política e a formação de oligarquias provinciais. A antiga aristocracia rural da cana-de-açúcar decaíra completamente; os patriarcais fazendeiros de café começaram a sofrer a concorrência das novas classes urbanas e industriais que procuravam afirmar-se na direção política.
Apesar de ter sido eleito com base na chamada política do café-com-leite, Pena realizou uma administração que não se prendeu de tudo a interesses regionais. Incentivou a criação de ferrovias, e interligou a Amazônia ao Rio de Janeiro pelo fio telegráfico, por meio da expedição de Cândido Rondon.
Seus ministérios eram ocupados por políticos jovens e que respeitavam muito a autoridade de Afonso Pena. Com exceção do Barão do Rio Branco e dos ministros militares; da marinha Almirante Alexandrino Faria de Alencar e do exército o Marechal Hermes da Fonseca, seus outros ministros em geral eram jovens e desconhecidos do público; porém eram dinâmicos, obedientes a suas diretrizes e sem compromissos com as oligarquias regionais. Isso lhe valeu alguns embaraços; as oposições criticavam o seu ministério, chamando de Jardim de Infância.
Foi implementado o Convênio de Taubaté, firmado no final do governo Rodrigues Alves. Fez a primeira compra estatal de estoques de café, transferindo assim, os encargos da valorização do café para o Governo Federal, que antes era praticada regionalmente, apenas por São Paulo, Minas Gerais e Rio de Janeiro, que haviam assinado o Convênio de Taubaté. Ele consistia num programa de defesa dos cafeicultores, em detrimento das finanças governamentais. O governo garantiu a compra do excedente, estabelecendo preços mínimos, emprestou 15 milhões de libras, e estimulou a exportação, por meio de uma desvalorização cambial. Tratava-se de uma nítida influência do poder econômico regional (SP, MG e RJ) sobre o interesse nacional.
Cabe a Afonso Pena o mérito de ter apoiado o programa ferroviário desenvolvido pelo ministro Miguel Calmon. Completam-se as ligações São Paulo - Rio Grande do Sul - Rio de Janeiro - Espírito Santo. Afonso Pena deu continuidade ao programa iniciado por seu antecessor, Rodrigues Alves, de reaparelhamento das ferrovias e dos portos, e implementou a reorganização do Exército, sob a supervisão do ministro da Guerra, general Hermes da Fonseca. Compreendendo a importância do elemento europeu no desenvolvimento do país, acelerou a imigração. Em 1908 perto de 100 000 colonos espalhavam-se pelo Sul do país, destacando-se os italianos.
Melhorou-se a esquadra com a aquisição de várias unidades navais entre as quais os couraçados Minas Gerais e São Paulo. O exército modernizou-se. Em 1908 o serviço militar obrigatório tornou-se obrigatório, para a felicidade dos patriotas e decepção dos humanistas.
Realizou-se em 1908 a grande Exposição Nacional, que, comemorando o centenário da lei da abertura dos portos do Brasil, procurava propagandear o "progresso" do país. Em virtude de seu afastamento dos interesses tradicionais das oligarquias, Afonso Pena enfrentou uma crise por ocasião da sucessão.
Afonso Pena havia indicado para a sucessão seu ministro da Fazenda Davi Campista que, apesar do apoio dos paulistas, não foi aceito pela maioria do Partido Republicano Mineiro. O Rio Grande do Sul, através do senador Pinheiro Machado, que tinha grande influência política, sugeriu outros nomes, dentre os quais o do marechal Hermes da Fonseca, então Ministro da Guerra. A oligarquia mineira logo endossou o nome do militar.
Para barrar a candidatura de Hermes, São Paulo desencadeou uma campanha antimilitarista e lançou o nome de Rui Barbosa. A candidatura era apropriada, pois o mesmo já havia se manifestado contra o serviço militar obrigatório, instituído pelo ministro da guerra. Iniciou-se a campanha civilista, lançada por Ruy Barbosa.
Afonso Pena morre de pneumonia após 3 anos de governo. Assumiu, assim, seu Vice Nilo Peçanha por um mandato de mais um ano e 5 meses.
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